La thèse EDBA est encadrée par un directeur de recherche. Le directeur de l'EDBA fait une proposition de Directeur de recherche au participant. Le directeur de recherche est choisi pour son expérience de l'encadrement de thèse de doctorat. Il est prioritairement un membre du corps professoral, en poste à Dauphine. Il peut également être professeur permanent dans un autre établissement d’enseignement supérieur. Sauf exception, ce choix intervient dans les six premiers mois qui suivent le début des enseignements. Il appartient au participant et au directeur de recherche de définir conjointement la fréquence de leurs rencontres. Il est conseillé de se rencontrer tous les deux mois environ pendant la durée totale du programme, soit environ une douzaine de rencontres durant les trois ans.

En outre, les enseignants-chercheurs de l'EDBA se rassemblent régulièrement en réunion pédagogique afin d’échanger sur les bonnes pratiques d’encadrement des thèses des participants et sur l’évolution pédagogique globale du programme.